飞鸿(李连杰)与十三姨(关之琳)、梁宽(莫少聪)在广州遇到白莲教徒借「扶清灭洋」口号，捣乱使馆、教堂等洋人地盘也不放过，原来是大臣纳兰元述(甄子丹)包庇用来对付革命党。黄在一医学会议中，与革命领袖孙文(张铁林饰)一见如故，发觉他们对救国更具远见，决助他们一把逃过卮运。黄飞鸿有感时势逆转，遂直捣白莲教总坛，决胜九宫真人(熊欣欣)，藉此拨开迷信假象。黄飞鸿又奋慨智末开，国运的衰竭，不惜投身与元述死战，为孙文(张铁林)，陆皓东(姜大卫饰)等人保驾护航……